ВЫДЕЛЕНИЕ И ОЧИСТКА НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

MagMAX™ Express Magnetic Particle Processors - прибор для выделения нуклеиновых кислот (ДНК, РНК) на магнитных частицах

MagMAX™ Express-24

MagMAX™ Express-96

Сорбция НК на магнитных частицах
Два варианта конфигурации прибора
Максимальный выход НК
Контроль кросс-контаминации
Простое программное обеспечение
Сервисное обслуживание и поддержка от Applied Biosystems

MagMAX™ Express идеально подходит для автоматического выделения нуклеиновых кислот с помощью магнитных частиц.

Прибор доступен в двух конфигурациях:

- MagMAX Express - способен одновременно обрабатывать до 24 образцов

- MagMAX Express-96 - способен одновременно обрабатывать до 96 образцов

Технология выделения НК с помощью магнитных частиц

В основе работы прибора MagMAX™ Express лежит технология избирательной сорбции НК на поверхности магнитных частиц. После проведения лизиса молекулы ДНК или РНК в особых буферных условиях сорбируются на поверхность магнитных частиц. Это позволяет отделить НК от других клеточных компонентов, перенося магнитные частицы, покрытые НК, в новую лунку, содержащую отмывочный раствор. После серии отмывок НК, иммобилизованные на поверхности магнитных частиц, переносят в раствор для элюции, где НК переходят в раствор, а магнитные частицы удаляются.

Перенос магнитных частиц из лунки в лунку осуществляется магнитными стержнями, покрытыми одноразовыми пластиковыми наконечниками. Благодаря отсутствию пипетирования и переноса жидкостей в процессе работы прибора, вероятность кросс-контаминации между соседними лунками существенно снижена по сравнению с большинством автоматических жидкостных систем. В MagMAX™ Express магнитные стержни собирают магнитные частицы из растворов и освобождают их одновременно во все лунки планшета, сокращая затраты времени.

Магнитные частицы входят в состав набора реагентов. Ambion предлагает широкий выбор наборов MagMAX™ Express для выделения ДНК и РНК, позволяющих работать с любыми образцами. Применение магнитных частиц обладает рядом преимуществ: для выделения всех типов ДНК и РНК, в том числе бактериальных и вирусных НК, микроРНК, внеклеточных НК из тканей, культуры клеток, а также неклеточных и малоклеточных образцов. Технология MagMAX™ позволяет связывать РНК более эффективно по сравнению в сорбцией на фильтрах из стекловолокна. Кроме того, при использовании данной технологии нет такой проблемы, как засорение фильтра фрагментами клеток. Показана высокая воспроизводимость выделения НК от пробы к пробе и от эксперимента к эксперименту. Благодаря высокой эффективности связывания РНК/ДНК с поверхностью магнитных частиц для успешного выделения достаточно небольшого числа частиц. Очищенные НК могут быть элюированы с поверхности частицы в малом объеме воды, свободной от нуклеаз (20–50 мкл). Это позволяет концентрировать РНК/ДНК при работе с малым количеством НК в образце.

Конфигурации прибора и расходные материалы

MagMAX™ Express-24

MagMAX™ Express-96

объем образца

20–200 мкл

10–1000 мкл

количество образцов

24

96

эффективность сбора частиц

>99%

>95%

оптимальный размер частиц

0.5–10 мкм

0.8–10 мкм

формат маггнитных стержней

24

96

формат плашки

24-лунки

96-лунки

блоки одноразовых наконечников

для маггнитных стержней

24

96

термостатируемый блок

нет

регулируемый, от 4°C до 96°C

размеры

30x30x30 см

68x60x38 см

вес

11.5 кг

~28 кг

прогграммное обеспечение

установлено

установлено

панель управления

СТАРТ/СТОП/ клавиши
управления /ЖКД

СТАРТ/СТОП/ клавиши
управления /ЖКД

Информация для заказа

модель прибора

p/n

MagMAX™ Express

4400074, 4400075

MagMAX™ Express-96 Standard

4400076, 4400078

MagMAX™ Express-96 Deep Well

4400077, 4400079

наконечники для магнитных стержней

p/n

MagMAX™ Express tip combs

4388452

MagMAX™ Express-96 standard tip combs

4388488

MagMAX™ Express-96 deep well tip combs

4388487

магнитные стержни

p/n

MagMAX™-96 Head KF 96 Plate

4388434

MagMAX™-96 Head Deep Well Plate

4388435

плашки

p/n

MagMAX™ Express plates

4388474

MagMAX™ Express 96 standard plates

4388475

MagMAX™ Express deep well plates

4388476

Магнитные стержни и наконечники для магнитных стержней

MagMAX™ Express-96 может быть укомплектован 2-мя типами магнитных стержней:

MagMAX™-96 Head KF 96 Plate – позволяет процессировать от 10 до 200 мкл жидкости

MagMAX™-96 Head Deep Well Plate – позволяет процессировать от 200 до 1000 мкл жидкости

Наборы реагентов

Выделение РНК

p/n

формат

тип образца

тип НК

AM1929

MagMAX™ AI/ND Viral RNA Isolation Kit

50

смывы с носоглотки,
с клоаки птиц

вирусная РНК и ДНК

AM1835

MagMAX™-96 AI/ND Viral RNA Isolation Kit

4x96

смывы с носоглотки,
с клоаки птиц

вирусная РНК и ДНК

AM1939

MagMAX™ Viral RNA Isolation Kit

50

плазма, сыворотка, моча

вирусная РНК и ДНК

AM1836

MagMAX™-96 Viral RNA Isolation Kit

96

плазма, сыворотка, моча

вирусная РНК и ДНК

AM1837

MagMAX™-96 Blood RNA Isolation Kit

96

кровь, молоко,
небольшие кусочки
тканей (до 10 мг)

РНК (тотальная и
вирусная)

AM1830

MagMAX™-96 Total RNA Isolation Kit

96

клетки и ткани

РНК (тотальная и вирусная)

AM1840

MagMAX™-96 Total Nucleic Acid Isolation Kit

96

сложные образцы,
бактерии, дрожжи

РНК и ДНК

AM9690

Plant RNA Isolation Aid

10 ml

для работы с тканями растений

РНК

Выделение ДНК

p/n

формат

тип образца

тип НК

4413020

MagMAX™ DNA Multi-Sample Kit

50

любые типы образцов

ДНК

4413021

MagMAX™-96 DNA Multi-Sample Kit

96

любые типы образцов

ДНК

4413022

MagMAX™-96 DNA Multi-Sample Kit

5x96

любые типы образцов

ДНК

AM1840

MagMAX™-96 Total Nucleic Acid Isolation Kit

96

сложные образцы, бактерии, дрожжи

РНК и ДНК

MagMAX™-96 AI/ND Viral RNA Isolation Kit

Набор MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit валидированный NVSL (National Veterinary Services Laboratories, USA) для выявления вирусов гриппа птиц и вируса-возбудителя болезни Ньюкасла. Идеален для выявления вируса в низкой концентрации.

• Валидирован NVSL

• Выявляет 10 копий вирусной РНК из 100–400 мкл образца

• Линейная зависимость Ct от концентрации до 50 копий транскрипта

• Процедура выделения занимает менее 30 минут

MagMAX™-96 Viral RNA Isolation Kit

Надежно обеспечивает лизис вирусных частиц и эффективное выделение вирусной ДНК и РНКиз неклеточных образцов.

• Эффективное выделение вирусной ДНК и РНК из разных типов образцов

• Гарантия точности результата в ОТ-ПЦР

• Идеален для выявления вируса в низкой концентрации

Высокая воспроизводимость результата

MagMAX™-96 Blood RNA Isolation Kit

Эффективное выделение вирусной и тотальной РНК из цельной крови и молока. Не требует предварительной пробоподготовки.

• Эффективное выделение вирусной и тотальной РНК из цельной крови и молока а также небольших кусочков ткани

• Значительное улучшение результатов исследований по экспрессии генов благодаря стандартизации этапа выделения.

• Процедура выделения занимает менее 1 часа

MagMAX™-96 Total RNA Isolation Kit

Эффективное выделение тотальной РНК из клеток и тканей животных и растений (при использовании Plant RNA Isolation Aid).

Условия лизиса адаптированы для работы с большим объемом материала (<10мг тканиили 10²-2х106 клеток)

• Обработка TURBO DNase™ для удаления геномной ДНК и сохранения целостности РНК

• Включает специальный протокол для работы с тканями растений


Plant RNA Isolation Aid

Применяется вместе с MagMAX-96 Total RNA Isolation Kit при работе с тканями растений. Удаляет полифенолы и полисахариды без фенольной экстракции.


MagMAX™ DNA Multi-Sample Kit

MagMAX-96 Viral RNA Isolation Kit создан для быстрого, удобного и качественного выделения геномной ДНК из образцов любого типа. Этот метод выделения ДНК рекомендован для анализа SNP в ПЦР, анализа кривых плавления высокого разрешения (HRM, high resolution melting) а также секвенирования по Сэнгеру и секвенирования нового поколения (SOLiD technology).

MagMAX™-96 for Microarrays Total RNA Isolation Kit


КомбинацияTRI Reagent® и технологии MagMAX™ для выделения тотальной РНК из клеток и тканей млекопитающих в формате 96-луночной плашки.

Amino Allyl MessageAmp™ II-96 aRNA Amplification Kit

Amino Allyl MessageAmp модифицирован для применения технологии MagMAX™ для очисткикДНК и антисмысловой РНК.

MessageAmp™ II-96 aRNA Amplification Kit


Популярный набор MessageAmp II Kit модифицирован для применения технологии MagMAX™ для очистки кДНК и антисмысловой РНК

BloodPrep ™ технология: выделение ДНК из цельной крови, культур клеток, буккальных соскобов и других источников

Набор реагентов BloodPrep ™ позволяет выделить ДНК из большого количества (до 96) образцов свежей или замороженной крови любых видов животных, клеток культур тканей или буккальных соскобов менее чем за 1 час

Обеспечивает выделение высококачественной высокомолекулярной геномной ДНК, свободной от ингибиторов ПЦР и пригодной для использования в любых методиках

Предоставляет ускоренные протоколы, не требующие центрифугирования, новые реагенты для предотвращения засорения мембран и быструю элюцию ДНК при комнатной температуре

Является частью комплексного решения, включающего реагенты, расходные материалы и оборудование, для обеспечения быстрой и экономически эффективной экстракции ДНК

Ускорьте и усовершенствуйте генотипирование
и генетические исследования

Компания Applied Biosystems разработала BloodPrep™ Технологию для быстрого и эффективного выделения ДНК из многих источников, в том числе свежей и замороженной цельной крови разных видов животных во всех стандартных антикоагулянтах, изолированных клеток крови (лейкоцитарная пленка или фракции лейкоцитов), культур клеток и буккальных соскобов. Новый состав реагентов значительно снижает риск засорения фильтрующих мембран, повышает чистоту выделенной ДНК и устраняет контаминирующие белки и ПЦР-ингибиторы, тем самым повышая эффективность Ваших ДНК-исследовани

Химический состав

Каждый реагент набора BloodPrep Технологии может обрабатывать около 600 образцов.

Основные компоненты набора:

· Протеиназа К и экстрагирующий буфер для переваривания белков крови

· Раствор для Выделения ДНК путем лизиса клеток и связывания ДНК на стекловолоконной мембране

· Раствор для промывки

· Уникальная двухстадийная система элюирущего буфера, которая растворяетвысокомолекулярную ДНК всего лишь за 3 минуты при комнатной температуре

· 96-луночная планшета для выделения ДНК со специальной стекловолоконной мембраной для захвата, промывки и элюции ДНК

Эти реагенты и расходные материалы оптимизированы для использования исключительно в системах очистки нуклеиновых кислот Applied Biosystems - ABI PRISM ™ 6100 Nucleic Acid PrepStation (ABI PRISM ™ 6100 Станция Выделения Нуклеиновых Кислот) и ABI PRISM™ 6700 Automated Nucleic Acid Workstation (ABI PRISM™ 6700 Автоматическая Станция Выделения Нуклеиновых Кислот).

Преодоление трудностей, связанных с выделением ДНК
из цельной крови и изолированных клеток крови

Выделение ДНК из свежей и особенно из замороженной цельной крови - очень сложный процесс. Нормальная кровь человека состоит из 45% эритроцитов и 54% тромбоцитов, которые не содержат ДНК. ДНК-содержащие лейкоциты составляют лишь 1-2% от всех клеток крови при концентрации 6,6 пг ДНК на клетку (5 х 106 - 107 клеток/мл).

Рис. 1. Схема процесса выделения ДНК с помощью BloodPrep Технологии

Кроме того, кровь обычно содержит 150 мг/мл гемоглобина и 60-80 мг/мл белков плазмы. Эти белки прочно связываются со стекловолоконными мембранами в процессе выделения. Связывание белков, даже при небольших (<150 мкл) объемах крови, может быть очень сильным, что предотвращает прохождение лизатов через мембрану и вызывает ее засорение.

Это особенно актуально при выделении ДНК из образцов крови животных, например, овцы, коровы и курицы (ядерные эритроциты птиц содержат очень большое количество ДНК в единице объема образца). Белковое загрязнение выделенной ДНК может затруднить проведение последующих исследований нуклеиновых кислот, например, SNP(анализ однонуклеотидных полиморфизмов), OLA (лигирование олигонуклеотидных зондов), STR (анализ коротких тандемных повторов) и других видов генотипирования или секвенирования ДНК.

Изменения в структуре белка, вызванные замораживанием и циклами замораживание-оттаивание, также затрудняют выделение ДНК из цельной крови. Неправильное смешивание крови с антикоагулянтом при отборе образцов крови может вызвать склеивание эритроцитов, что также способствует засорению ДНК-связывающих мембран.
Кроме того, различные заболевания или их терапия могут вызывать глубокие изменения в химизме крови, повышая или понижая концентрацию липидов или триглицеридов, что негативно влияет на процесс выделения ДНК и особенно на загрязнение мембран. Applied Biosystems разработали BloodPrep Технологию, чтобы бороться с этими трудностями.

BloodPrep Технология выделения

До 150 мкл свежей или замороженной цельной крови человека (для других видов животных рекомендуется брать меньшее количество материала) добавляют вместе с небольшим количеством протеиназы К к BloodPrep Экстрагирующему Буферу. BloodPrep Экстрагирующий Буфер содержит компоненты, которые препятствуют разрушению ДНК во время последующей инкубации при повышенных температурах. Экстрагирующий буфер инкубируют при 58°С в течение 10 минут, чтобы вызвать деградацию белков крови и сохранить интактную ДНК (рис.1).

После инкубации к лизату добавляют BloodPrep Раствор для Выделения ДНК, чтобы полностью завершить лизис клеток. Этот раствор содержит совершенно новый состав детергентов, что способствует предотвращению засорения мембран и препятствует контаминации элюированной ДНК белками крови и гемом. Лизат крови затем проходит через стекловолоконную мембрану в ячейке 96-луночной планшеты (максимальный объем 700 мкл) под вакуумом, где ДНК связывается с мембраной.

Затем мембрану промывают, чтобы убрать белковые и другие загрязнения, и, наконец, ДНК элюируют при комнатной температуре простым двухстадийным процессом. Этот процесс позволяет выделить ДНК очень большого молекулярного веса – более 50 кб (тпо) - с минимальным количеством коротких деградированных фрагментов ДНК, обычных для других методик выделения ДНК. Такие продукты имеют вид полос с более низким молекулярным весом на фотографиях агарозного геля после электрофореза.

Рис.2. Выделение ДНК из буккальных соскобов. Соскобы проводили ватными палочками, материал отбирали у пяти разных доноров. Количество геномной ДНК, выделенной из соскобов клеток разных индивидуумов варьировало в зависимости от донора и типа соскоба. Эффективность экстракции ДНК измеряли методом ПЦР 18S рРНК в реальном времени.

Выделение ДНК из клеток культуры тканей и буккальных соскобов

Выделить ДНК из клеток культуры тканей и буккальных соскобов намного проще, чем из цельной –намного более низкими концентрациями белка в таких объектах. Клетки культуры тканей и буккальных соскобов просто лизируют добавлением BloodPrep Раствора для Выделения ДНК.

Lot

Fresh (%CV)

Frozen (%CV)

CPD

EDTA

Heparin

CPD

EDTA

Heparin

L110402

7.21

6.46

11.21

L120402

6.29

9.51

7.93

8.75

5.76

11.08

L120502

8.43

9.04

9.26

13.27

4.24

6.32

L120602(D1)

8.30

7.06

6.74

10.36

6.15

9.46

L120602(D2)

8.21

6.30

7.42

7.51

6.99

8.52

Рис.3. Выход и коэффициент вариации количества ДНК, выделенной из пяти типов образцов цельной крови человека с использованием BloodPrep Технологии и 6100 PrepStation.

Рис.4. Выход ДНК из пяти типов образцов крови человека, выделенной из 150 мкл цельной крови с использованием BloodPrep Технологии. Процент выхода вычислен путем подсчета исходного количества лейкоцитов.

Особенности использования

BloodPrep Технология разработана для выделения > 70% тотальной ДНК из образцов крови человека в объеме 150 мкл, и, как правило, выделяет более 90% ДНК, содержащейся в лейкоцитах.

Выход ДНК составляет 2 – 8 мкг (как правило, > 4 мкг для крови человека в норме) из 150 мкл жидкой крови. Количество выделенной ДНК зависит от количества лейкоцитов в образце (см. рис. 3,4,5). Выход ДНК может значительно варьировать в зависимости от условий хранения крови.

Рис.5. Выход ДНК из различных исходных объемов крови четырех доноров, выделенной при использовании BloodPrep Технологии (кровь с добавлением различных антикоагулянтов).

Коэффициенты варьирования (%CV) при экстракции ДНК из одного и того же образца составляют до 30% (обычно менее 15 %), поскольку процесс выделения является хорошо воспроизводимым как между лунками, так и между планшетами.

Из образцов крови разных видов животных можно получить большее, по сравнению с кровью человека, количество ДНК, хотя конкретные цифры значительно различаются, поскольку количество лейкоцитов (или ядросодержащих эритроцитов – в образцах крови птиц, рептилий или верблюдов) в единице объема крови различное (рис.6 и 6а).

Рис.6. 1% TBE agarose gel image of DNA isolated from 50 μL of frozen animal blood of various species. 10 μL of eluate (total 200 μL) was loaded into the gel, which indicates the relative yields of DNA from different animal species.

Рис.6a. Yield and purity of DNA from 50 μL of various animal species blood.

BloodPrep Технология также используется для выделении ДНК из изолированных лейкоцитов (лейкоцитарной пленки) или фракций других ядерных клеток крови в объемах до 1x106 клеток в лунке. В диапазоне от 10 до 1 x 106 клеток в лунке выход ДНК находится в линейной зависимости от количества клеток (рис.7).

Количество ДНК, получаемой из клеток культуры тканей, зависит от плоидности клеточной линии (числа хромосом в клетке). Из 106 клеток Human Raji (диплоидный набор хромосом) может быть выделено около 5 мкг ДНК, из такого же количества клеток PC3 (в основном, триплоидных) – 8 мкг, а, например, из клеток линии HeLa (100% анеуплоидные, в основном, тетраплоидные) – почти 15 мкг ДНК.

Поскольку каждая клетка линии HeLa содержит большое количество ДНК, выход ДНК может резко снижаться вследствие насыщения мембраны. Поэтому для данной клеточной линии рекомендуют использовать более низкое исходное количество клеток (напр., 1 x 105 клеток в лунке) (рис.7).

Рис.7. Yields of DNA from tissue-culture cells at input levels of 10 to 1 x 106 cells. Each point is inquadruplicate. Results show that the purification process recovers DNA linearly at these input ranges.

Чистота и ингибирование

Чистота препаратов выделенной ДНК, определяемая отношением A260/280, составляет, как правило, более 1,7. Это указывает на весьма незначительное содержание загрязняющих белков или других макромолекул в растворах выделенной ДНК. Значения A320 и A410 должны составлять менее 0.05 единиц абсорбции, что свидетельствует об отсутствии в образце ДНК различных частиц и гема, соответственно (рис.8).

Purification Run

Count

Ave A260/280

StDev

%CV

1

96

1.82

(+/- 0.04)

2.09

2

96

1.80

(+/- 0.04)

2.22

3

96

1.87

(+/- 0.04)

1.93

Inter-run Ave

3 Plates

1.83

(+/- 0.04)

2.19

Рис.8. Степень чистоты препаратов ДНК, выделенной в трех 96-луночных планшетах.

Выделенная ДНК не содержит ингибиторов ПЦР. Оценку уровня ингибиторов проводили с использованием 5’-нуклеазного анализа с TaqMan® зондами для 18S рРНК методом ПЦР в реальном времени. Серию разведений выделенной ДНК готовили следующим образом: не разведенная; 1:4; 1:16; 1:64; 1:256; 1: 1024. Каждое разведение анализировали трижды.

Количество неразведенной ДНК составляло примерно 1 мкг ДНК на ПЦР-реакцию объемом 50 мкл. Затем строили кривую зависимости Ст (номер порогового цикла ПЦР, на котором зарегистрирована флюоресценция) от логарифма разведения ДНК. График в виде прямой линии свидетельствует об отсутствии ингибирования ПЦР (рис. 9).

Рис.9. Анализ чистоты препаратов выделенной ДНК от ингибиторов ПЦР. ДНК выделяли из крови человека, замороженной с CPD (цитрат-фосфат-декстрозным) антикоагулянтом. Линейный характер графика зависимости значений пороговых циклов (Ст) от логарифма разведения ДНК указывает на отсутствие ингибиторов ПЦР в экстрактах.

Рис.10. Фотография 1% агарозного геля с продуктами электрофореза ДНК, выделенной из крови человека, обработанной обычными антикоагулянтами. На дорожки 1 и 20 нанесены маркеры молекулярного веса, наибольший фрагмент - 40 кб.

Представленные фотографии электрофореза выделенной ДНК в агарозном геле иллюстрируют отсутствие РНК-контаминации. ДНК имеет длину более 40 кб, отсутствуют дополнительные полосы, которые обычно появляются вследствие деградации молекул ДНК в процессе инкубации при высоких температурах (Рис.10).

Процесс выделения ДНК из образцов крови человека, лейкоцитарной пленки, буккальных соскобов или клеток культуры тканей занимает менее 1 часа при использовании ABI PRISM™ 6100 Nucleic Acid PrepStation или ABI PRISM™ 6700 Automated Nucleic Acid Workstation. Выделение ДНК из крови других видов животных требует большего времени лизиса для переваривания более толстых клеточных стенок.

Информация для заказа

Описание

Количество

Кат.номер

Протеиназа К

5 мл

4333793

BloodPrep Экстрагирующий Буфер

250 мл

4342777

BloodPrep Раствор для Выделения ДНК

1000 мл

4342775

BloodPrep Раствор для Промывки ДНК

975 мл

4342949

BloodPrep Раствор для Элюции ДНК 1

200 мл

4342951

BloodPrep Раствор для Элюции ДНК 2

200 мл

4342950

Планшета 2 для Очистки геномной ДНК

10 штук в коробке

4330172

Оборудование

ABI PRISM ™ 6100 Nucleic Acid PrepStation

6100-01

ABI PRISM™ 6700 Automated Nucleic Acid Workstation.

6700-01

Другие материалы

96-луночная микропланшета ПЦР со штрих-кодом

20 шт. в коробке

4306737

Планшеты с глубокими лунками

10 шт. в коробке

4306841

Ограждение от разбрызгивания жидкости

20 шт. в коробке

4311758

Крышки для архивирования планшет

10 шт. в коробке

4306286


RNAqueous – 4PCR: Выделение РНК, свободной от ДНК, для ОТ-ПЦР

Безопасно – выделение без использования фенола, с удалением ДНКаз

Обеспечивает получение высококачественной тотальной РНК для ОТ-ПЦР (обратно-транскриптазной ПЦР) в реальном времени и ОТ-ПЦР по конечной точке.

Быстро – получение тотальной РНК, свободной от загрязняющей ДНК, менее чем за 45 минут

Методика идеально подходит как для клеток, так и для тканей

Выделяет тотальную РНК из 1 - 75 мг ткани или 100 – 107клеток

RNAqueous Технология

RNAqueous – 4PCR Набор обеспечивает выделение РНК, свободной от загрязнения геномной ДНК, из очень малых образцов – 1 мг ткани или 100 клеток. Очищенная РНК готова к использованию и идеально подходит для проведения дальнейших исследований, чувствительных даже к малейшему загрязнению ДНК, например, ПЦР в реальном времени или ОТ-ПЦР по конечной точке.

Реагенты для удаления ДНК состоят из не содержащей РНКаз ДНКазы 1, 10хДНКазного буфера и реагента, удаляющего ДНКазу. Также в наборе содержится 3 пластиковых пестика для измельчения малых количеств ткани.

*RNAqueous®-Midi использует фильтр, приспособленный для 10 мл- шприца. Лизат и промывающие реагенты пропускаютчерез фильтр шприцом.

Рис.1. RNAqueous Протокол

Рис. 2. ОТ-ПЦР, проведенные с использованием тотальной РНК, выделенной с помощью RNAqueous® –4PCR Набора. 5 мкл каждого образца РНК использовали в качестве матриц для реакции обратной транскрипции, а затем 10% полученной кДНК амплифицировали с использованием S15-праймеров. Дорожки слева от маркеров – это ПЦР, проведенные без обратной транскрипции, демонстрирующие отсутствие загрязнения данных образцов РНК геномной ДНК. На дорожках справа от маркеров - продукты S15 ОТ-ПЦР-реакции.

Получение высококачественной РНК

Выход РНК различен в зависимости от типа и количества образца и составляет примерно 1 – 10 мкг РНК на 1 мг ткани или 1 мкг на 1х105 культивированных клеток.

Рис.3. Тотальная РНК, выделенная с помощью RNAqueous® из различных образцов тканей организмов разных видов. Окрашивание рРНК этидиум бромидом демонстрирует высокое качество («цельность») РНК. Электрофорез проведен в 1% агарозном геле в формальдегид/ МОПС-буфере

Табл.1. Выход продукта при использовании RNAqueous 4 PCR Набора

Образец

Количество клеток или мг ткани

Средний выход*

Клетки jurkat

1х106

10 мкг

1х107

50 мкг

E.coli

1х108

5 мкг

1х109

50 мкг

Печень мыши

10 мг

40-60 мкг

Легкое мыши

10 мг

10-15 мкг

Селезенка мыши

10 мг

10-20 мкг

Почка мыши

10 мг

15-25 мкг

Мозг мыши

10 мг

8 мкг

*

Количество может изменяться в зависимости от вида, стадии развития и условий роста. Выход тотальной РНК не включает 5S рРНК, тРНК и другие низкомолекулярные РНК, которые могут содержаться в количестве до 20% от тотальной клеточной РНК.

Табл.2. Особенности колонок RNAqueous 4 PCR Набора

Максимальная емкость связывания

100 мкг РНК

Максимальный исходный объем

700 мкл

Размер РНК

> 200 нуклеотидов

Минимальный объем элюции

40 мкл

Максимальное количество стартового материала

Клетки животных

1х107

Ткани животных

75 мг

Другие продукты Ambion

RNAqueous®-Micro

RNAqueous®-Micro-Набор предназначен для выделения тотальной РНК из образцов малого размера (10-500000 культивированных клеток, от 10 микропрепарированных клеток, или до 10 мг ткани)

RNAqueous®-Midi

RNAqueous®-Midi Набор создан для выделения тотальной РНК из 0,1 – 0,5 г ткани или 107-108 клеток. В данном наборе в фильтр шприца Люэра вставлен РНК-связывающий стекловолоконный фильтр.

RNAlater®

RNAlater – это водный нетоксичный реагент для хранения тканей, который стабилизирует и защищает клеточную РНК в интактных незамороженных тканевых образцах. RNAlater устраняет необходимость немедленно использовать образцы ткани или замораживать их в жидком азоте для дальнейших исследований.

RNaseZap®

RNaseZap содержит три ингредиента, активно устраняющих РНКазное загрязнение со стеклянной посуды, пластиковых поверхностей, лабораторных столов и дозаторов в лабораториях. Также доказана эффективность RNaseZap в устранении загрязнений РНК с микроцентрифужных пробирок без ингибирования ферментативных реакций.

Информация для заказа

Номер по каталогу

RNAqueous®-4PCR Kit

RNAqueous®-4PCR Набор

1914

30 выделений

Сопутствующие продукты

RNAqueous®-Midi

1911

15 выделений

RNAqueous®-Micro Kit

1931

50 выделений

RNAlater®

7020-7024

различный

RNaseZap®

9780

250 мл

BigDye® XTerminator™ Purification Kit -- набор для очистки сиквенсовой реакции от невстроившихся терминаторных нуклеотидов

Реакция очистки не требует многократной смены пробирок, как в случае с этанольной преципитацией

Полностью убираются все невстроившиеся терминаторные нуклеотиды

Стабилизация образцов

Улучшение результатов сиквенса

Возможность автоматизации

Высокая степень быстроты, надёжности и воспроизводимости

BigDye® XTerminator™ - простой и очень быстрый метод очистки ДНК, который улучшает результаты секвенирования, очищая исследуемый образец ДНК от солей и невстроишихся в цепочку флуоресцентно меченых терминаторных нуклеотидов. Теперь после проведения электрофореза вы сможете увидеть полностью весь сиквенс без «провалов», которые вызываются присутствием невстроившихся терминаторов. Процесс очистки занимает не более 40 мин и требует не более 10 мин «ручной» работы. Этод метод очистки гораздо более простой и эффективный, нежели классическая очистка при помощи этанольной преципитации или колоночных методов. BigDye® XTerminator™ убирает невстроившиеся терминаторы, соли и другие заряженные ионы, которые могут повлиять на качество сиквенса или на эффективность электрокинетической инъекции.

Упрощённая процедура очистки

Традиционные методы очистки такие, как этанольная преципитация требуют значительного опыта лабораторной практики из-за трудоёмкости
процедуры. В ходе этанольной преципитации происходит неоднократная смена пробирок в связи с наличием нескольких этапов центрифугирования и добавлением различных реагентов. При очистки с помощью BigDye® XTerminator™ требуется добавление всего 2-х реагентов:

  • XTerminator™ Solution – очищает образец ДНК от невстроившихся терминаторов и свободных солей
  • SAM™ Solution – улучшает эффективность работы XTerminator™ Solution и стабилизирует полученный раствор.

Вы можете добавлять эти реагенты последовательно или приготовить реакционный «премикс»

ШАГ 1
Реакция секвенирования с использованием

набора BigDye® Terminator™ v 1.1 или 3.1

ШАГ 2
Добавляем реагент BigDye® XTerminator™

ШАГ 3
Закрываем реакционную плашку с помощи плёнки

ШАГ 4
Вортексируем плашку в течение 30 мин

ШАГ 5
Центрифугируем

ШАГ 6
Ставим реакционную плашку в генетический анализатор
для проведения капиллярного электрофореза

Наборы MagMAX™ для выделения ДНК

из образцов различного типа

Основные преимущества:

Выделение достаточного количества ДНК высокого качества для любых целей исследователя;

Подходит для выделения ДНК из различных типов образцов, таких как кровь, различные ткани, культура клеток и пр.;

Эффективная технология выделения, основанная на применении магнитных частиц

Возможность автоматизации или выделения вручную;

Полученная ДНК прекрасно подходит для дальнейшего анализа однонуклеотидных полиморфизмов, определения копийности генов, генотипирования, секвенирования.

Подготовка

образца

Генотипирование с использованием:

• TaqMan SNP Asseys

• TaqMan Open Array
Genotyping Plates

Скрининг мутаций, используя

• MeltDoctor™ Master Mix

Анализ копийности генов

• TaqMan® Copy Number Assays

Секвенирование ДНК, используя:

• BigDye® kits и капилярный
электрофорез

• Секвенирование посредством
лигирования системы SOLID

Различные типы тканей:

• Кровь

• Слюна

• Культура клеток

• Мышиные хвосты и др

1. Лизис образца

2. Связывание с магнитными частицами

3. Промывка.

4. Обработка РНКазой

5. Промывка

6. Элюирование ДНК

ДНК впервые выделили около 140 лет назад, еще задолго до того, как была определена роль этой нуклеиновой кислоты в жизни клеток и целых организмов. Однако наше понимание природы и роли ДНК к настоящему времени значительно расширилось. Сейчас люди способны использовать сведения об этой молекуле для идентификации личности человека, для генетического тестирования и создания профиля генов организма, для генотерапии и разработки лекарств. Очень важным при проведении любого анализа и эксперимента является качество материала, с которым работает исследователь. При работе с ДНК очень важна ее чистота. Количество и качество очищенной геномной ДНК значительно влияет на успешность процесса анализа исследуемых образцов и на достоверность конечного результата.

Протокол использования наборов MagMAX™ DNA Multi-Sample Kits основан на надежной технологии для выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах, которая позволяет быстро и просто получить качественную высокоочищенную ДНК.

Данный метод обладает рядом преимуществ по сравнению с другими способами выделения нуклеиновых кислот:

Процесс можно автоматизировать, используя специальные приборы MagMax;

Характеризуется более эффективными стадиями промывки и связывания на магнитных частицах, чем при использовании мембранных фильтров и колонок;

Обеспечивает получение больших объемов чистой ДНК, без потери на стадиях промывки.

Полученная ДНК прекрасно подходит для различных типов анализа.

Большой объем высокоочищенной ДНК из образцов различного типа

С развитием новых аналитических методов и технологий, таких как генотипирование, секвенирование на платформах нового поколения, возросли требования к чистоте, качеству и количеству исходной ДНК. Наборы MagMAX™ DNA Multi-Sample позволяют получить высокоочищенную ДНК, свободную от нуклеаз, белков и других ингибиторов последующих ферментативных реакций. Как показано в таблице 1 и 2, ДНК из различных образцов, например из гепаринизированной крови, ткани селезенки, может быть получена при помощи одного набора для выделения. Наборы MagMAX™DNA Multi-Sample поставляются в различных форматах: для ручного выделения – в пробирках на различное количество образцов, а также в плашках на 96 лунок (для автоматического или ручного выделения)

(Таблица 1).

Single Tube

96-Well Plate

Sample

Input

Average Yield

Input

Average Yield

Mouse Brain

50 mg

80-100 μg

10 mg

20-22 μg

Mouse Liver

50 mg

320-360 μg

10 mg

93-103 μg

Mouse Spleen

25 mg

275-350 μg

5 mg

130-155 μg

Mouse Thymus

25 mg

240-350 μg

5 mg

112-212 μg

Mouse Tail

1 cm piece

58-63 μg

0.5 cm piece

49-56 μg

HeLa Cells

5 x 106cells

116-126 μg

1 x 106 cells

17-27 μg

Buffy Coat

200 μL

110-128 μg

50 μL

15-17 μg

Human Blood (plus EDTA)

200 μL

7-11 μg

50 μL

1.5-2.0 μg

Human Blood (plus heparin)

200 μL

8-1 2 μg

50 μL

2.5-4.0 μg

Human Blood (plus sodium citrate)

200 μL

8-10 μg

50 μL

1.7-3.0 μg

Buccal Cells

1 swab

0.5-1.0 μg

1 swab

0.5-1.0 μg

Mouse Blood (plus EDTA)

50 μL

1.2-1.7 μg

50 μL

1.2-1.7 μg

SS Blood Card

2 x 2 mm punches

0.1-0.3 μg

2 x 2 mm punches

0.1-0.3 μg

FTA Blood Card

2 x 2 mm punches

0.3-0.5 μg

2 x 2 mm punches

0.3-0.5 μg

Таблица 1 Различные количества ДНК, выделенные из разных образцов набором MagMAXDNA Multi-Sampleразного формата: в пробирках или в плашках на 96 лунок.

Параметр

Эффективность

A260/280

Оптическая плотность 1.7–1.9

Наличие РНК в очищенном образце ДНК

Не обнаружено

Целостность ДНК

≥23 kb

Время, требуемое на выделение

≤60 min

Для заказа доступны платформы для автоматизации

MagMAX™ Express-96 на 96 лунок с запрограммированным готовым протоколом

Для дополнительной информации посетите сайт производителя www.appliedbiosystems.com/magmax

Доступные форматы

Для ручного выделения на 50 реакций в пробирках по 2 мл; для ручного выделения в плашках на 96 лунок; для автоматизированного выделения в плашках на 96 лунок.

Таблица 2. Особенности технологии MagMAX™ и наборов MagMAX™DNA Multi-Sample

Эффективная технология выделения на магнитных частицах

Благодаря усовершенствованию реагентов для выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах MagMAX™ DNA Multi-Sample Kits, у исследователей появилась возможность получать высококачественную очищенную ДНК в больших количествах. Относительно большая площадь поверхности магнитных частиц, протекание реакции в растворе, способствуют эффективному связыванию ДНК, простой и эффективной промывке и элюированию нуклеиновых кислот. Связанные с магнитными частицами ДНК непосредственно контактируют с промывочным буфером, что снижает риск контаминации образцов, кроме того, для элюирования требуется значительно меньше элюирующего раствора, чем при выделении на мембранных фильтрах.

В результате Вы получаете большее количество более чистой и концентрированной ДНК. Кроме того, данный метод не требует стадий центрифужной или вакуумной фильтрации.

Протокол метода можно легко оптимизировать как для больших объемов образца, так и для большого числа образцов.

Реагенты MagMAX™DNA Multi-Sample и методика выделения ДНК на магнитных частицах идеально подходят для многих автоматизированных платформ, включая MagMAX™ Express, Beckman Coulter™, Tecan®, and Caliper™.

Способность выделить достаточное количество ДНК из лимитированного количества ценных образцов, значительно влияет на постановку дальнейшего эксперимента и успешность его результатов. На рисунке 1 продемонстрирован результат получения достаточного количества чистой и концентрированной ДНК преимущественно из тканей мозга и печени, которые богаты липидами и гликогеном, что затрудняет процесс выделения нуклеиновых кислот. Как видно на диаграмме, в 2 раза больше ДНК было получено при использовании метода выделения на магнитных частицах, чем метода основанного на мембранной фильтрации (конкурентный набор Q).

Рис.1 Сравнения эффективности наборов для выделения ДНК MagMAX™DNA Multi-Sample, производства Applied Biosystems и конкурентного набора Q для мембранной фильтрации

В основе молекулярных методов анализа, как правило, лежат ферментативные реакции, которые могут ингибироваться побочными продуктами реакции, искажающими конечный результат. Поэтому при молекулярно-генетическом анализе очень важен правильный и эффективный способ очистки и чистота анализируемой нуклеиновой кислоты.

На рисунке 2 проиллюстрирован эффект чистоты ДНК оказываемый на процесс реакции ПЦР в реальном времени. ДНК была выделена из гепаринизированной цельной крови и крови растворенной в ЭДТА (антикоагулянт) набором для выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах MagMAX™-96 DNA Multi-Sample Kit и альтернативно конкурентным набором Q для выделения ДНК на мембранных фильтрах. Эквивалентные количества ДНК, выделенной разными способами, были отобраны для постановки ПЦР в реальном времени для анализа гена РНКазы P. Как показано на рисунке 2 значение Сt для ДНК, выделенной набором MagMAX™ DNA Multi-Sample составляет 0.4, что ниже чем Ct (1,2) для ДНК выделенной альтернативным способом. Более низкие значения Сt говорят об отсутствии каких-либо ингибиторов количественной ПЦР, что является значительным преимуществом технологии MagMAX™ для выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах и свидетельствует о более эффективном связывании нуклеиновых кислот и более качественной процедуре промывки и получении высокоочищенной ДНК/РНК.

Идеально подходит для генетического анализа, и совместим с готовыми
решениями компании Applied Biosystems

Компания Applied Biosystems уже более 25 лет является лидером в производстве инструментов и реагентов для генетического анализа. Приложения для генетического анализа Applied Biosystems в настоящее время включают: систему для генотипирования TaqMan® OpenArray® Genotyping System, наборы для анализа однонуклеотидных полиморфизмов TaqMan® SNP Genotyping Assays, наборы для определения изменения числа копий генов TaqMan® Copy Number Assays, реагенты для высокочувствительного анализа кривых плавления MeltDoctor™ High Resolution Melt (HRM) Reagents, наборы для секвенирования BigDye® (капиллярный электрофорез) и система секвенирования нового покаления SOLiD™.

Наборы MagMAX™ DNA Multi-Sample Kits - это первый шаг любого эксперимента, независимо от целей, которые преследует исследователь в процессе постановки своего молекулрно-генетического анализа.

Рис.2 Эффект чистоты ДНК, выделенной с использованием технологии Mag Max и мембранной фильтрации, оказываемый на процесс реакции ПЦР в реальном времени.

Секвенирование ДНК

Выделение ДНК – важный шаг при проведении секвенирования. На качество, точность, длину секвенируемой последовательности ДНК может оказывать значительное влияние тип ткани, из которой получали исследуемую нуклеиновую кислоту, способ обработки и хранения образца до процесса выделения ДНК, и непосредственно выбранный способ экстракции ДНК.

Очень важно снизить вероятность деградации ДНК, избегая частой процедуры замораживания/оттаивания, воздействия света и тепла, а так же центрифугирования. С MagMAX™ DNA Multi-Sample Kit вы гарантированно получите целостную нуклеиновую кислоту высокого качества. Эффективность данного набора подтвердили при подготовке ДНК для последующего секвенирования с использованием реагентов для скоростного сиквенса: пару праймеров VariantSEQr® для постановки секвенироущей ПЦР и BigDye® Terminator v3.1, с последующим проведением капиллярного электрофореза на генетическом анализаторе Applied Biosystems® 3130xl. ДНК получали из гепаринизированной цельной крови, образцы крови хранили при -20°C. На рисунке 3 показаны отличные результаты секвенирования, получить которые можно было только благодаря наличию исходной качественно чистой нуклеиновой кислоты.

Рис. 3. Результаты секвенирования образцов ДНК, полученных из различных типов тканей при использовании набора MagMAX™ DNA Multi-Sample и технологии выделения ДНК на магнитных частицах.

Различные форматы наборов MagMAX™ DNA Multi-Sample

Наборы MagMAX™ DNA Multi-Sample могут быть использованы как для ручного выделения на магнитных стойках, так и автоматизированного выделения на приборах для выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах, производства Аpplied Biosystems или других фирм производителей. Каждый набор для ручного выделения рассчитан либо на 50 реакций, поставляется в микроцентрифужных пробирках, либо на 96 выделений в плашках на 96 лунок.

Магнитные стойки для ручного выделения можно заказать отдельно различной конфигурации – под различное количество пробирок, или под 96-луночную плашку.

К набору прилагаются протоколы, как для ручного, так и для автоматического использования на установке MagMAX™ Express-96 Deep Well Magnetic Particle Processor от Applied Biosystems.

Информация для заказа.

Description

Size

Part Number

MagMAX™ DNA Multi-Sample Kit

50 preps

4413020

MagMAX™-96 DNA Multi-Sample Kit

96 preps

4413021

MagMAX™-96 DNA Multi-Sample Kit

5 x 96 preps

4413022

6-Tube Magnetic Stand

1 stand

AM 10055

Magnetic Stand-96

1 stand

AM 10027

96-well Magnetic Ring Stand

1 stand

AM 10050

MagMAX™ Express-96 Deep Well Tip Combs

100 pieces

4388487

MagMAX™ Express-96 Deep Well Plates

50 plates

4388476

MagMAX™ Express-96 Deep Well Magnetic Particle Processor

1 instrument

4400077