Капиллярный электрофорез

Генетические анализаторы Applied Biosystems 3500 и 3500xL

Созданием генетических анализаторов 3500 (8 капилляров) и 3500 xL (24 капилляра) компания Applied Biosystems установила новый стандарт в капиллярном электрофорезе.

Анализаторы серии 3500 разработаны в ответ на растущую потребность в совершенствовании рабочих характеристик оборудования для работы в контролируемых условиях; эти приборы сохранили непревзойденную универсальность, соответствующую ожиданиям ученых-биологов.

8-капиллярная система 3500 и 24-капиллярная система 3500xL

Усовершенствованная система терморегуляции для улучшенного контроля температуры при анализе фрагментов ДНК, требующем высокой точности

Твердотельный лазер с одной длиной волны 505 нм и длительным сроком службы, работает от стандартной сети и не требует охлаждения

Значительное улучшение однородности сигнала от инструмента к инструменту, от цикла к циклу, от капилляра к капилляру

Встроенная мощная система сбора данных и ПО для первичного анализа, позволяющие оценивать качество данных в реальном времени

Технология радиочастотной идентификации для отслеживания информации об основных расходных материалах и административных данных

Усовершенствованная технология для мультиплексного анализа фрагментов ДНК с использованием до 6 красителей

Универсальность: для большинства методик используется один капиллярный блок и один полимер.

Удобная настройка, эксплуатация и обслуживание - самый простой в эксплуатации ДНК-секвенатор

Компоненты системы

В комплект поставки генетических анализаторов 3500 и 3500xL входят следующие компоненты:

Инструмент для капиллярного электрофореза

8-капиллярный (система 3500) или 24-капиллярный (система 3500xL) блок и полимер

Набор для секвенирования ДНК и/или фрагментного анализа, реактивы и расходные материалы для квалификационных испытаний системы.

Компьютерная рабочая станция Dell с ЖК-монитором

Встроенная программа для управления прибором, сбора данных, контроля качества и автоматического анализа файлов секвенирования и фрагментного анализа.

Расходные материалы для системы

Applied Biosystems предоставляет следующие расходные материалы для системы серии 3500:

Капиллярные блоки: капилляры без покрытия в количестве 8 или 24 на блок, с рамкой для упрощения установки. Выпускаются блоки длиной 36 и 50 см для различных методик. Блоки капилляров длиной 50 см оптимизированы для многих методик с применением полимера POP-7™ и конкретных рабочих модулей. Это делает работу легче, а длительность цикла остается примерно такой же, как при использовании капиллярных блоков предыдущего поколения длиной 36 см. Капиллярные блоки 3500 и 3500xL рассчитаны на 160 введений проб.

Оптимизированные полимеры РOP- 7™, POP-6™ и POP-4™: Полимеры для 3500 и 3500xL POP-7™, POP-6™ и POP- 4™ фасуются в готовые для использования пакеты. Полимеры POP выпускаются двух объемов, на 384 образца (не более 60 введений в систему 3500 или 20 введений в систему 3500xL) и 960 образцов (не более 120 введений в систему 3500 или 50 введений в систему 3500xL). Объем полимера в пакете достаточен для указанного количества проб или введений, плюс дополнительный объем для начальной настройки и регулировки. Для большинства методик подходит полимер POP-7™ с 50-см капиллярным блоком.

Буферные растворы: Катодный буфер для генетического анализатора серии 3500, анодный буфер и реагент для промывки капиллярного блока расфасованы в такие же пакеты, как полимер, и готовы к использованию. Контейнеры с расходными материалами утилизируются после анализа максимального количества проб, на которое они рассчитаны.

Контейнер с катодным буфером (ККБ): Контейнер, заполненный 1Х буфером, подходит для любых электрофоретических методик. Контейнер имеет два отделения; в левом находится катодный буфер для электрофореза, а в правом -использованный полимер после промывания капилляра между введениями проб. ККБ может использоваться в течение 7 дней после установки в инструмент (или для 120 вводов проб в систему 3500 или 50 вводов проб в систему 3500 xL, в зависимости от того, что наступит первым).

Контейнер с анодным буфером(КАБ):
Контейнеры, заполненные 1Х буфером, являются источником ионов и поддерживают необходимое значение рН при электрофорезе. КАБ может использоваться в течение 7 дней после установки в
инструмент (или не более 120 вводов проб в систему 3500 или 50 вводов в систему 3500xL, в зависимости от того, что наступит раньше).

Контейнеры с катодным и анодным буфером изготовлены из пластика, подходящего для вторичной переработки, что снижает нагрузку на окружающую среду.

Примечание: Контейнеры маркированы символом вторичной переработки #7 (прочее- поликарбонат). При утилизации руководствуйтесь местными правилами.

Реагент для промывки капиллярного блока: Готовые к применению пакеты, заполненные реагентом для промывки капиллярного блока, используются для промывки насоса перед переходом к другому полимеру и для заполнения насосной системы во время выключения прибора на длительный срок. Объем пакета достаточен для одной промывки.

Табл. 1. Производительность и характеристики секвенирования

Тип секвенирования

Производительность

Конфигурация

Рабочие характеристики

Среднее
время
цикла
(мин.)

Средняя производи-
тельность 3500xL (проб/день)

Средняя производи-
тельность 3500 (проб/день)

Длина капилляров (см)

Тип полимера

Mедианное число оснований 90% образцов

КВ QV20 CRL 90% образцов

RapidSeq50_POP7

≤40

≥840

≥280

50

POP-7™

≥600

≥500

StdSeq50_POP6

≤135

≥240

≥80

50

POP-6™

≥700

≥600

FastSeq50_POP7

≤65

≥504

≥168

50

POP-7™

≥750

≥700

StdSeq50_POP7

≤125

≥264

≥88

50

POP-7™

≥1000

≥850

ShortReadSeqPOP7

≤30

≥1104

≥368

50

POP-7™

≥325

≥300

MicroSeq_POP7

≤125

≥264

≥88

50

POP-7™

≥1000

≥850

MicroSeq_POP6

≤135

≥240

≥80

50

POP-6™

≥700

≥600

RapidSeq_BDX_50_POP7

≤40

≥840

≥280

50

POP-7™

≥600

≥500

StdSeq_BDX_50_POP6

≤140

≥240

≥80

50

POP-6™

≥700

≥600

FastSeq_BDX_50_POP7

≤65

≥504

≥168

50

POP-7™

≥750

≥700

StdSeq_BDX_50_POP7

≤125

≥264

≥88

50

POP-7™

≥1000

≥850

ShortReadSeq_BDX_POP7

≤30

≥1104

≥368

50

POP-7™

≥325

≥300

1. Технические требования установлены по стандарту секвенирования длинных фрагментов

2. Производительность (образцов/день) устанавливается по общему количеству образцов, которое можно проанализировать за 23 ч (с учетом времени пробоподготовки, обслуживания и прогрева прибора).

3. QV20 CRL определяется как самый длинный неразорванный сегмент оснований средней QV≥20, вычисленный с помощью скользящей рамки длиной 21 пар оснований.

4. Быстрый модуль ShortReadSeq собирает данные о 300 п.о. за 30 минут при операциях, требующих быстрого подтверждения последовательности, например, при контроле качества клонов.

5. Рабочие модули BDX оптимизированы для работы с системами серии 3500 для получения большего объема полезных данных при очистке продуктов с помощью набора BigDye® XTerminator™

Табл. 2. Анализ фрагментов: технические требования к производительности и пропускная способность

Тип секвенирования

Производительность

Конфигурация

Среднее время цикла (мин.)

Средняя производительность, 3500xL
(проб в день)

Средняя производительность, 3500
(проб/день)

Длина капилляров (см)

Тип полимера

FragAnalysis50_POP7

40

≥840

≥280

50

POP-7™

FragAnalysis50_POP6

100

≥336

≥112

50

POP- 6™

LongFragAnalysis50_POP7

125

≥264

≥88

50

POP-7™

HID36_POP4

35

≥936

≥312

36

POP- 4™

HID36_POP7

26

≥1272

≥424

36

POP-7™

SNaPshot50_POP7

30

>1104

>376

50

POP-7™

1. Производительность (проб/день) устанавливается по общему количеству образцов, которое можно проанализировать за 23 ч (с учетом времени пробоподготовки, обслуживания и прогрева прибора).

2. Разрешение определяется как диапазон оснований, в котором частное от деления интервала между пиками и ширины пика на половине его высоты больше 1.

3. Точность определения размера фрагментов – стандартное отклонение размера данного аллеля во всех капиллярах в одном цикле.

4. Технические требования к определению размера фрагментов в разных циклах является мерой точности системы 3500 между несколькими циклами. Например, можно ожидать, что при длине аллеля 200 п. о. в 3 циклах среднее отклонение 90% проб будет <1 п.о.

Этикетки для радиочастотной идентификации

Все капиллярные блоки, контейнеры с полимером и буфером и пакеты с реагентом для промывки капиллярного блока систем серии 3500 имеют бирки для радиочастотной идентификации. Эти бирки позволяют отслеживать и создавать отчеты по
использованию расходных материалов, номерам лотов и частей, срокам годности и времени использования в приборе.
Информация о расходных материалах сохраняется в программе для сбора данных даже после извлечения расходных компонентов из прибора.

Реактив для стандартизации

Размерный стандарт GeneScan™ 600 LIZ® v2 разработан для применения с системами серии 3500 для двух задач. Его можно использовать в качестве стандарта размера при анализе фрагментов ДНК. Кроме того, реактив можно применять в качестве стандарта при включении функции стандартизации в программе для сбора данных. Системы серии 3500 в сочетании с размерным стандартом GeneScan™ 600 LIZ ® v2 (и специальными функциями программы для стандартизации) позволяют свести к минимуму вариабельность от инструмента к инструменту, от цикла к циклу и от капилляра к капилляру.

Реактивы

Реактивы, использующиеся с генетическими анализаторами серии 3500:

Наборы для секвенирования BigDye® Terminator v1.1 и 3.1
Размерные стандарты GeneScan™ LIZ®
Размерные стандарты GeneScan™ ROX™
Наборы под конкретные задачи

Рабочие характеристики

Общие сведения

Точность определения размеров 100% аллелей в ≥90% проб

Определение размеров 100% аллелей в нескольких циклах в ≥90% проб

Диапазон разрешения

≥90% проб

Наибольший фрагмент

≥90% проб

50 – 400 п.о.

401 – 600 п.о.

601—1200 п.о.

50 – 400 п.о.

401 – 600 п.о.

601—1200 п.о.

≤40 - ≥520

≥600

<0.15

<0.30

Н/Д

< 1 n.o.

<2 n.o.

Н/Д

≤20 - ≥550

≥600

<0.15

<0.30

Н/Д

< 1 n.o.

<2 n.o.

Н/Д

≤40 - ≥700

≥1200

<0.15

<0.30

<0.45

< 1 n.o.

<2 n.o.

< 3 n.o.

≤60 - ≥400

≥420

<0.15

Н/Д

Н/Д

< 1 n.o.

Н/Д

Н/Д

≤60 - ≥400

≥420

<0.15

Н/Д

Н/Д

< 1 n.o.

Н/Д

Н/Д

≤40 - ≥120

≥120

<0.50

Н/Д

Н/Д

< 1 n.o.

Н/Д

Н/Д

Программное обеспечение системы

Основное программное обеспечение для сбора данных для серии 3500

Генетические анализаторы Applied Biosystems 3500 и 3500xL включают программное обеспечение для сбора данных с простым пользовательским интерфейсом и понятным дизайном, позволяющее легко отслеживать данные об использовании расходных материалов и капилляров, дающее возможность быстрого старта, с напоминаниями о плановом обслуживании системы и несколькими другими удобными характеристиками. Функции обозначения оснований и определения размера фрагментов выполняются программой для первичного сбора данных, что позволяет оценивать их в реальном времени. По желанию возможна модернизация с функциями дополнительной надежности, аудита и электронной подписи для соответствия лаборатории требованиям 21 CFR ч 11

Вспомогательные программы для анализа по желанию.

Программа для анализа результатов секвенирования v5.4 с KB™ Basecaller v1.4.1—для редактирования результатов идентификации оснований при секвенировании, повторной идентификации, создания отчета и печати.

Программа Variant Reporter™ v1.1— для обнаружения мутаций при анализе однонуклеотидных полимфорфизмов, сравнительного секвенирования, аттестации методов и подтверждения последовательности

Программа GeneMapper® v 4.1— для анализа микросателлитов, потери гетерозиготности, однонуклеотидных полиморфизмов, мультиплексной амплификации с лигированием, полиморфизма длины амплифицированных фрагментов и фрагментов рестрикции.

Программа GeneMapper® ID-x v1.2 — для анализа данных по идентификации человека с помощью наборов AmpFlSTR®

Программа MicroSEQ® ID v 2.2— для идентификации микроорганизмов с помощью

Рабочие характеристики системы 3500

Лазер
С длительным сроком службы, твердотельный, длина волны 505 нм.


Напряжение при электрофорезе
До 20 кВ


Температура термостата
Активный контроль температуры от 18°C до 70°C

Минимальные требования к компьютеру
Оборудование: Процессор Pentium® IV 1.86 ГГц Операционная система: Windows® Vista SP1
ОЗУ 2 Гб
Жесткий диск: 1X 80 Гб 7200 об/мин. SATA 3.0 ГБ/, 8 Мб кэш

Рабочая среда
Температура: 15°C-30°C
(Во время работы прибора температура в помещении не должна
колебаться более чем на ±2°C.
Относительная влажность: 20 -80%, отсутствие конденсации

Напряжение сети
100–240 В ±10%
50–60 Гц ±10%


Ток
Максимум 15 A

Макс. потеря мощности
417 ВА, 371 Вт (приблизительно, не включая компьютер и монитор)


Размеры
Ширина (с закрытой дверцей): 61 см
Ширинпа (с открытой дверцей): 122 см
Глубина: 61 см
Высота 72 см
Вес: 82 кг (приблизительно)

Обслуживание и гарантия
Гарантия на части и сборку - 1 год
Установка
Обучение

Требования к образцу

Инструменты серии 3500 позволяют анализировать много типов матриц, полученных по разнообразным методикам пробоподготовки. Образцы вводятся в систему автоматически непосредственно из 96- или 384-луночных плашек. Кроме того, системы серии 3500 предназначены для работы с 96-луночными плашками Fast и стрипованными пробирками по 8 шт.

Информация для заказа

Комплектация инструментов
серии 3500

3500

3500XL

Название

Описание

Кат. №

Кат. №

Генетический анализатор серии 3500 для секвенирования и фрагментного анализа

Система серии 3500 с программой для сбора данных, анализа последовательностей, программными пакетами Variant Reporter'H GeneMapper". Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы.

4440462

4440463

Генетический анализатор серии 3500 для повторного секвенирования и фрагментного анализа, с электронной подписью

Система серии 3500 с программой сбора данных (включает дополнительные функции безопасности, аудита и электронной подписи), анализа последовательностей и программными пакетами . Variant Reporter'H GeneMapper". Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы.

4440464

4440465

Генетический анализатор серии 3500 для секвенирования

Система серии 3500 с программой для сбора данных, анализа последовательностей, программным пакетом Variant Reporter "Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа фрагментов для квалификационных испытаний системы.

4440466

4440467

Генетический анализатор серии 3500 для фрагментного анализа

Система серии 3500 с ПО для сбора данных и GeneMapper". Комплектация включает также наборы реактивов для фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы.

4440468

4440469

Генетический анализатор серии 3500 для типирования и фрагментного анализа

Система серии 3500 с программой для сбора данных, анализа последовательностей, программными пакетами SeqScape'H GeneMapper" Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы.

4440470

4440471

Расходные материалы и реактивы

Описание

Кат. №

Капиллярный блок 3500xL (50 см)

4404689

Капиллярный блок 3500 (50 см)

4404685

Полимер 3500 РОР-7™ (960 проб)

4393714

Полимер 3500 РОР-7™ (384 пробы)

4393708

Контейнер с анодным буфером (КАБ), серия 3500

4393927

Контейнер с катодным буфером (ККБ), серия 3500

4408256

Контейнер с катодным буфером для серии 3500, с перегородкой

4410715

Реагент для промывки капиллярного блока для серии 3500

4393718

Формальдегид Hi-Di™ (5 мл), 1 флакон

4401457

Набор для секвенирования BigDye" Terminator v3.1 Cycle (1000 циклов)

4337456

Набор для очистки BigDye" X Terminator (1000 циклов)

4376487