Диагностические наборы

TrueScience™ наборы для детекции анеуплоидии

Точная детекция - до 100% совпадения с кариотипированием

Быстрые результаты - получение результатов тестов обычно менее чем за 6 часов

Легкость в интерпретации - информативный отчет теста определяет коэффициент принятия решения

Масштабирование - эффективность себестоимости возрастает с увеличением количества образцов.

Анеуплоидия – генетическая аномалия, при которой наблюдается отличие от нормального набора хромосом – моносомия или трисомия

Распространенные анеуплоидии

· Синдром Дауна: трисомия 21

· Синдром Эдвардса: трисомия 18

· Синдром Патау: трисомия 13

· Синдром Клайнефелтера: 47,XXY (мужская хромосомная трисомия)

· Синдром Турнера: 45,X or 45,XO

Клинические потребности

· Важная информация для помощи пациентам;

· физическая детерминация статуса их анеуплоидий;

· планирование успешной беременности

Продукт

Applied Biosystems® TrueScience™ наборы для анеуплоидий представляют собой целый спектр мультиплексных диагностических китов, базирующихся на ДНК, с использованием STR маркеров для детекции трех наиболее распространенных аутосомальных трисомий:

· трисомия 21 (синдром Дауна)

· трисомия 18 (синдром Эдвардса)

· трисомия 13 (синдром Патау)

Дополнительные маркеры половых хромосом X и Y позволяют детектировать наиболее распространенные анеуплодидии, связанные с половыми хромомсомами, синдром Клайнфельтера и синдром Турнера.

TrueScience™ наборы по анеуплоидиям валидированы для in vitro диагностики, а также для анализа ворсинок хориона и амниотической жидкости.

Доступные комплектации

TrueScience™Aneuploidy STR-Plus Kit

Для рутинной in vitro количественной детекции трех наиболее распространенных аутосомальных трисомий: трисомия 13 (синдром Патау), трисомия 18 (синдром Эдвардса) и трисомия 21 (синдром Дауна). Также включает маркеры на X и Y хромосомы + маркер TAF9L для детерминации половой принадлежности.

TrueScience™Aneuploidy STR-XY Kit

Для анализа статуса половой хромосомы, включая наиболее распространенные анеуплоидии синдрома Клайнфельтера и синдрома Турнера.

TrueScience™Aneuploidy STR-21 Kit,

TrueScience™Aneuploidy STR-18 Kit,

TrueScience™Aneuploidy STR-13 Kit

Дополнительные киты для каждой хромосомы, содержащие дополнительные аутосомальные маркеры. Эти киты доступны для расширенного тестирования хромосом, когда стандартные тест не способен обеспечить окончательный результат или необходима дополнительная информацияя.

Все киты дизайнированы для работы с ДНК ДНК, экстрагированной из образцов ворсинок хориона (ХВ ХВ) и амниотической жидкости (АЖ АЖ).

Особенности и преимущества

• Анализ в одной пробирке: один пациент = одна пробирка

− Мультиплексный набор аутосомальных и половых маркеров – 22 маркера вPlus kit

− Одна ПЦР для одного образца пациента

− Все реагенты смешаны, включая Taq-полимеразу

− Только добавить ДНК

• Анализ в одном капилляре: один пациент = один капилляр

− Нет пост-ПЦР манипуляций

− Образцы загружают прямо в анализатор

• Простой отчет: один пациент = один результат

• Контрольная ДНК входит в набор

• Также как кариотипирование (золотой стандарт в тестировании анеуплоидий)

− 100% совпадение с образцами кариотипирования – внутренняя и внешняяВалидация

• Набор доступен для работы на 3500 и 3730 генетических анализаторах

• Дополнительные возможности для работы в лабораториях больниц, клиник на генетических анализаторах.

Концепция набора

Конфигурация наборов

Набор содержит:

50 тестов

10 тестов

• 2 x 250µl пробирки с реакционной смесью

• 1 x 50µl пробирка с контрольной ДНК

• 2 упаковки 0.2ml PCR пробирок (~25 в упаковке)

• Вкладыш с информацией о наборе

• 1 x 100µl пробирка с реакционной смесью

• 1 x 50µl пробирка с контрольной ДНК

• 1 упаковка 0.2ml PCR пробирок (~10 в упаковке)

• Вкладыш с информацией о наборе

Дополнитеьная информация доступна на сайте:

www.appliedbiosystems.com/aneuploidy

− Протокол

− Рук-во для запуска программ и анализа данных

− Референсная карта

− GeneMapper® файл дополнительных настроек

− 3500 Data collection файл дополнительных настроек

Software (доступно для заказа)

− GeneMapper® 4.1

Реагенты для анализа мутаций в KRAS и BRAF генах

Простой и легко воспроизводимый анализ.

Определение 12 мутаций в KRAS гене и 3 мутаций в BRAF гене

Детекция от 1 до 5 % мутантных вариантов среди гДНК дикого типа в анализируемой смеси.

Детекция разнообразных однонуклеатидных замен в одном образце в процессе мультиплексной реакции ПЦР

Рис 1. Белковые продукты генов K-Ras и B-RAF являются ключевыми звеньями в процессе трансдукции сигнала по EGFR – зависимому пути передачи сигнала в клетках. Этот сигнальный путь играет важную роль в регуляции пролиферации клеток. В связи с этим представляет большой интерес для исследователей раковых заболеваний и онкологов.

EGFR-зависимый сигнальный путь – это многокомпонентный каскад передачи сигнала в клетках по цепи биохимических реакций от одной белковой молекулы к другой, который тесно связан с развитием процессов опухолеобразования.

Сигналы, передаваемые при активации рецептора эпидермального фактора роста (EGFR) определяют пролиферативную активность клетки, способность к дифференцировке, метастазирование, индукцию ангиогенеза и т. д.

Белковые продукты генов и BRAF являются ключевыми звеньями в процессе трансдукции сигнала по EGFR – зависимому пути передачи сигнала в клетках

Мутации в генах KRAS или BRAF были выявлены в опухолевых клетках толстого кишечника, легких, поджелудочной железы, эндометрия матки и яичников. Кроме того, они были обнаружены в клетках 35% - 45% метастазирующих колоректальных опухолей. Наличие таких мутаций в значительной степени снижает эффективность терапии направленной на блокировку EGFR- сигнального пути. На сегодня установлено, что если ген, кодирующий белок КRAS или BRAF мутировал и приобрел структуру, отличную от «дикого» аналога, то эффективность препаратов, действие которых направлено на ингибирование компонентов EGFR- сигнального пути для предотвращения и угнетения роста опухоли практически отсутствует. Таким образом, для целенаправленного назначения той или иной лекарственной терапии, а также при проведении клинических и фармацевтических исследований, идентификация таких мутаций играет ключевую роль [1-3].

Передовые исследования в онкологии.

Выбирая «готовые решения» - наборы реагентов для анализа KRAS и BRAF, подробный протокол эксперимента, генетические анализаторы Applied Biosystems® моделей 3500 или 3730 с удобным и простым программным обеспечением, соответствующие последним мировым стандартам - вы выбираете простой, быстрый, точный и эффективный способ сиквенса и фрагментного анализа.

Метод, в котором используются KRAS Mutation Analysis Reagents простой и эффективный (Рис. 2). При помощи набора KRAS реагентов осуществляют одновременно амплификацию 12 значимых однонуклеотидных замен (SNP) используя 2 мультиплексные реакции ПЦР: первая - для детекции шести SNP в кодоне 12, вторая – для поиска шести SNP в кодоне 13 исследуемого гена (Табица 1).

Рис.2 Ход эксперимента для определения KRAS/BRAF вариантов

Таблица 1. Список Однонуклеотидных замен, детектируемых с помощью набора реагентов Applied Biosystems для анализа KRAS и BRAF мутаций

Мутации, определяемые с использованием набора реагентов KRAS Mutation Analysis Reagents

Мутации, определяемые с использованием набора реагентов BRAF Mutation Analysis Reagents

В кодоне 12

В кодоне 13

В кодоне 600

Gly12Ser (GGT>AGT)

Gly13Ser (GGC>AGC)

Val600Glu (GTG>GAG)

Gly12Arg (GGT>CGT)

Gly13Arg (GGC>CGC)

Val600Gly (GTG>GCG)

Gly12Cys (GGT>TGT)

Gly13Cys (GGC>TGC)

Val600Ala (GTG>GGG)

Gly12Asp (GGT>GAT)

Gly13Asp (GGC>GAC)

Gly12Ala (GGT>GCT)

Gly13Ala (GGC>GCC)

Gly12Val (GGT>GTT)

Gly13Val (GGC>GTC)

Сценарий использования KRAS / BRAF Mutation Analysis Reagents последовательно в одном эксперименте.

Разработан последовательный сценарий исследования KRAS и BRAF генов, в котором идентификация KRAS вариантов осуществляется в первую очередь. Если мутации в KRAS гене присутствуют, ее детектируют и на этом исследование прекращается. Если KRAS мутация не обнаружена, то далее осуществляется скрининг образцов на наличие BRAF мутаций. В лабораториях, где требуется быстрое получение результатов, может быть использована технология, при которой оба гена анализируются одновременно.

Анализ сдвига терминации (Shifted Termination Assay (STA))обеспечивает точные результаты

Применение реагентов для детекции мутаций в генах KRAS и BRAF основано на технологии анализа сдвига терминации (Shifted Termination Assay (STA).

(STA)(Анализ сдвига терминации) – это запатентованная технология в которой используются праймеры с уникальным дизайном, реакционная смесь модифицированных ферментов и специально синтезированные нуклеотиды. В результате реакции STA распознаются последовательности- мишени дикого или мутантного типов и происходит селективное удлинение детектирующего праймера на длину от 1 до 20 меченых нуклеотидов. Данное удлинение повторяется 20 раз для усиления сигнала мутации. Затем полученные фрагменты разной длины разделяются в капиллярном электрофорезе в генетических анализаторах Applied Biosystems® модели 3500 или 3730.

Программное обеспечение GeneMapper® v4.1 предлагает простой анализ полученных данных.

GeneMapper® это система программного обеспечения, которая позволяет осуществлять фрагментный анализ и подходит для всех генетических анализаторов Applied Biosystems. Получите более подробную информацию о данной технологии на официальном сайте компании Applied Biosystems www.appliedbiosystems.com/KRASили www.appliedbiosystems.com/BRAF.

Рис.3 Используя программу GeneMapper® Software v4.1, легко наблюдать KRAS и BRAF мутации. Пик соответствующий той или иной мутации всегда возникает слева от пика соответствующего дикому типу.

Информация о наборах

Набор

Реагенты, входящие в состав набора

Количество анализируемых образцов

KRAS Mutation Analysis Reagents

DNA Amplification Master Mix, 1,000 μL

30

KRAS PCR Primers, 50 μL

KRAS Detection Primers, Codon 12, 80 μL

KRAS Detection Primers, Codon 13, 80 μL

Clean-Up Enzyme Mix, 430 μL

KRAS Controls, Codon 12, 25 μL

KRAS Controls, Codon 13, 25 μL

KRAS Enrichment Mix, Codon 12, 430 μL

KRAS Enrichment Mix, Codon 13, 430 μL

Loading Buffer (two tubes), 1,200 μL each tube

KRAS TF-50 Filter Tips

Collection Tubes

BRAF Mutation Analysis Reagents

DNA Amplification Master Mix, 1,000 μL

30

BRAF PCR Primers, 50 μL

BRAF Detection Primers, 80 μL

Clean-Up Enzyme Mix, 430 μL

BRAF Control Mix, 50 μL

BRAF Enrichment Mix, 430 μL

Loading Buffer, 1,200 μL

BRAF TF-50 Filter Tips

Collection Tubes