Капиллярный электрофорез
Генетические анализаторы Applied Biosystems 3500 и 3500xL
Созданием генетических анализаторов 3500 (8 капилляров) и 3500 xL (24 капилляра) компания Applied Biosystems установила новый стандарт в капиллярном электрофорезе.
Анализаторы серии 3500 разработаны в ответ на растущую потребность в совершенствовании рабочих характеристик оборудования для работы в контролируемых условиях; эти приборы сохранили непревзойденную универсальность, соответствующую ожиданиям ученых-биологов.
8-капиллярная система 3500 и 24-капиллярная система 3500xL
Усовершенствованная система терморегуляции для улучшенного контроля температуры при анализе фрагментов ДНК, требующем высокой точности
Твердотельный лазер с одной длиной волны 505 нм и длительным сроком службы, работает от стандартной сети и не требует охлаждения
Значительное улучшение однородности сигнала от инструмента к инструменту, от цикла к циклу, от капилляра к капилляру
Встроенная мощная система сбора данных и ПО для первичного анализа, позволяющие оценивать качество данных в реальном времени
Технология радиочастотной идентификации для отслеживания информации об основных расходных материалах и административных данных
Усовершенствованная технология для мультиплексного анализа фрагментов ДНК с использованием до 6 красителей
Универсальность: для большинства методик используется один капиллярный блок и один полимер.
Удобная настройка, эксплуатация и обслуживание - самый простой в эксплуатации ДНК-секвенатор
Компоненты системы |
В комплект поставки генетических анализаторов 3500 и 3500xL входят следующие компоненты:
• Инструмент для капиллярного электрофореза
• 8-капиллярный (система 3500) или 24-капиллярный (система 3500xL) блок и полимер
• Набор для секвенирования ДНК и/или фрагментного анализа, реактивы и расходные материалы для квалификационных испытаний системы.
• Компьютерная рабочая станция Dell с ЖК-монитором
• Встроенная программа для управления прибором, сбора данных, контроля качества и автоматического анализа файлов секвенирования и фрагментного анализа.
Расходные материалы для системы |
Applied Biosystems предоставляет следующие расходные материалы для системы серии 3500:
• Капиллярные блоки: капилляры без покрытия в количестве 8 или 24 на блок, с рамкой для упрощения установки. Выпускаются блоки длиной 36 и 50 см для различных методик. Блоки капилляров длиной 50 см оптимизированы для многих методик с применением полимера POP-7™ и конкретных рабочих модулей. Это делает работу легче, а длительность цикла остается примерно такой же, как при использовании капиллярных блоков предыдущего поколения длиной 36 см. Капиллярные блоки 3500 и 3500xL рассчитаны на 160 введений проб.
• Оптимизированные полимеры РOP- 7™, POP-6™ и POP-4™: Полимеры для 3500 и 3500xL POP-7™, POP-6™ и POP- 4™ фасуются в готовые для использования пакеты. Полимеры POP выпускаются двух объемов, на 384 образца (не более 60 введений в систему 3500 или 20 введений в систему 3500xL) и 960 образцов (не более 120 введений в систему 3500 или 50 введений в систему 3500xL). Объем полимера в пакете достаточен для указанного количества проб или введений, плюс дополнительный объем для начальной настройки и регулировки. Для большинства методик подходит полимер POP-7™ с 50-см капиллярным блоком.
• Буферные растворы: Катодный буфер для генетического анализатора серии 3500, анодный буфер и реагент для промывки капиллярного блока расфасованы в такие же пакеты, как полимер, и готовы к использованию. Контейнеры с расходными материалами утилизируются после анализа максимального количества проб, на которое они рассчитаны.
• Контейнер с катодным буфером (ККБ): Контейнер, заполненный 1Х буфером, подходит для любых электрофоретических методик. Контейнер имеет два отделения; в левом находится катодный буфер для электрофореза, а в правом -использованный полимер после промывания капилляра между введениями проб. ККБ может использоваться в течение 7 дней после установки в инструмент (или для 120 вводов проб в систему 3500 или 50 вводов проб в систему 3500 xL, в зависимости от того, что наступит первым).
• Контейнер с анодным буфером(КАБ):
Контейнеры, заполненные 1Х буфером, являются источником ионов и поддерживают необходимое значение рН при электрофорезе. КАБ может использоваться в течение 7 дней после установки в
инструмент (или не более 120 вводов проб в систему 3500 или 50 вводов в систему 3500xL, в зависимости от того, что наступит раньше).
• Контейнеры с катодным и анодным буфером изготовлены из пластика, подходящего для вторичной переработки, что снижает нагрузку на окружающую среду.
Примечание: Контейнеры маркированы символом вторичной переработки #7 (прочее- поликарбонат). При утилизации руководствуйтесь местными правилами.
• Реагент для промывки капиллярного блока: Готовые к применению пакеты, заполненные реагентом для промывки капиллярного блока, используются для промывки насоса перед переходом к другому полимеру и для заполнения насосной системы во время выключения прибора на длительный срок. Объем пакета достаточен для одной промывки.
Табл. 1. Производительность и характеристики секвенирования
Тип секвенирования |
Производительность |
Конфигурация |
Рабочие характеристики |
||||
Среднее |
Средняя производи- |
Средняя производи- |
Длина капилляров (см) |
Тип полимера |
Mедианное число оснований 90% образцов |
КВ QV20 CRL 90% образцов |
|
RapidSeq50_POP7 |
≤40 |
≥840 |
≥280 |
50 |
POP-7™ |
≥600 |
≥500 |
StdSeq50_POP6 |
≤135 |
≥240 |
≥80 |
50 |
POP-6™ |
≥700 |
≥600 |
FastSeq50_POP7 |
≤65 |
≥504 |
≥168 |
50 |
POP-7™ |
≥750 |
≥700 |
StdSeq50_POP7 |
≤125 |
≥264 |
≥88 |
50 |
POP-7™ |
≥1000 |
≥850 |
ShortReadSeqPOP7 |
≤30 |
≥1104 |
≥368 |
50 |
POP-7™ |
≥325 |
≥300 |
MicroSeq_POP7 |
≤125 |
≥264 |
≥88 |
50 |
POP-7™ |
≥1000 |
≥850 |
MicroSeq_POP6 |
≤135 |
≥240 |
≥80 |
50 |
POP-6™ |
≥700 |
≥600 |
RapidSeq_BDX_50_POP7 |
≤40 |
≥840 |
≥280 |
50 |
POP-7™ |
≥600 |
≥500 |
StdSeq_BDX_50_POP6 |
≤140 |
≥240 |
≥80 |
50 |
POP-6™ |
≥700 |
≥600 |
FastSeq_BDX_50_POP7 |
≤65 |
≥504 |
≥168 |
50 |
POP-7™ |
≥750 |
≥700 |
StdSeq_BDX_50_POP7 |
≤125 |
≥264 |
≥88 |
50 |
POP-7™ |
≥1000 |
≥850 |
ShortReadSeq_BDX_POP7 |
≤30 |
≥1104 |
≥368 |
50 |
POP-7™ |
≥325 |
≥300 |
1. Технические требования установлены по стандарту секвенирования длинных фрагментов
2. Производительность (образцов/день) устанавливается по общему количеству образцов, которое можно проанализировать за 23 ч (с учетом времени пробоподготовки, обслуживания и прогрева прибора).
3. QV20 CRL определяется как самый длинный неразорванный сегмент оснований средней QV≥20, вычисленный с помощью скользящей рамки длиной 21 пар оснований.
4. Быстрый модуль ShortReadSeq собирает данные о 300 п.о. за 30 минут при операциях, требующих быстрого подтверждения последовательности, например, при контроле качества клонов.
5. Рабочие модули BDX оптимизированы для работы с системами серии 3500 для получения большего объема полезных данных при очистке продуктов с помощью набора BigDye® XTerminator™
|
Табл. 2. Анализ фрагментов: технические требования к производительности и пропускная способность
Тип секвенирования |
Производительность |
Конфигурация |
|||
Среднее время цикла (мин.) |
Средняя производительность, 3500xL |
Средняя производительность, 3500 |
Длина капилляров (см) |
Тип полимера |
|
FragAnalysis50_POP7 |
40 |
≥840 |
≥280 |
50 |
POP-7™ |
FragAnalysis50_POP6 |
100 |
≥336 |
≥112 |
50 |
POP- 6™ |
LongFragAnalysis50_POP7 |
125 |
≥264 |
≥88 |
50 |
POP-7™ |
HID36_POP4 |
35 |
≥936 |
≥312 |
36 |
POP- 4™ |
HID36_POP7 |
26 |
≥1272 |
≥424 |
36 |
POP-7™ |
SNaPshot50_POP7 |
30 |
>1104 |
>376 |
50 |
POP-7™ |
1. Производительность (проб/день) устанавливается по общему количеству образцов, которое можно проанализировать за 23 ч (с учетом времени пробоподготовки, обслуживания и прогрева прибора).
2. Разрешение определяется как диапазон оснований, в котором частное от деления интервала между пиками и ширины пика на половине его высоты больше 1.
3. Точность определения размера фрагментов – стандартное отклонение размера данного аллеля во всех капиллярах в одном цикле.
4. Технические требования к определению размера фрагментов в разных циклах является мерой точности системы 3500 между несколькими циклами. Например, можно ожидать, что при длине аллеля 200 п. о. в 3 циклах среднее отклонение 90% проб будет <1 п.о.
Этикетки для радиочастотной идентификации |
Все капиллярные блоки, контейнеры с полимером и буфером и пакеты с реагентом для промывки капиллярного блока систем серии 3500 имеют бирки для радиочастотной идентификации. Эти бирки позволяют отслеживать и создавать отчеты по
использованию расходных материалов, номерам лотов и частей, срокам годности и времени использования в приборе.
Информация о расходных материалах сохраняется в программе для сбора данных даже после извлечения расходных компонентов из прибора.
Реактив для стандартизации |
Размерный стандарт GeneScan™ 600 LIZ® v2 разработан для применения с системами серии 3500 для двух задач. Его можно использовать в качестве стандарта размера при анализе фрагментов ДНК. Кроме того, реактив можно применять в качестве стандарта при включении функции стандартизации в программе для сбора данных. Системы серии 3500 в сочетании с размерным стандартом GeneScan™ 600 LIZ ® v2 (и специальными функциями программы для стандартизации) позволяют свести к минимуму вариабельность от инструмента к инструменту, от цикла к циклу и от капилляра к капилляру.
Реактивы |
Реактивы, использующиеся с генетическими анализаторами серии 3500:
• Наборы для секвенирования BigDye® Terminator v1.1 и 3.1
• Размерные стандарты GeneScan™ LIZ®
• Размерные стандарты GeneScan™ ROX™
• Наборы под конкретные задачи
Рабочие характеристики |
|||||||
Общие сведения |
Точность определения размеров 100% аллелей в ≥90% проб |
Определение размеров 100% аллелей в нескольких циклах в ≥90% проб |
|||||
Диапазон разрешения ≥90% проб |
Наибольший фрагмент ≥90% проб |
50 – 400 п.о. |
401 – 600 п.о. |
601—1200 п.о. |
50 – 400 п.о. |
401 – 600 п.о. |
601—1200 п.о. |
≤40 - ≥520 |
≥600 |
<0.15 |
<0.30 |
Н/Д |
< 1 n.o. |
<2 n.o. |
Н/Д |
≤20 - ≥550 |
≥600 |
<0.15 |
<0.30 |
Н/Д |
< 1 n.o. |
<2 n.o. |
Н/Д |
≤40 - ≥700 |
≥1200 |
<0.15 |
<0.30 |
<0.45 |
< 1 n.o. |
<2 n.o. |
< 3 n.o. |
≤60 - ≥400 |
≥420 |
<0.15 |
Н/Д |
Н/Д |
< 1 n.o. |
Н/Д |
Н/Д |
≤60 - ≥400 |
≥420 |
<0.15 |
Н/Д |
Н/Д |
< 1 n.o. |
Н/Д |
Н/Д |
≤40 - ≥120 |
≥120 |
<0.50 |
Н/Д |
Н/Д |
< 1 n.o. |
Н/Д |
Н/Д |
Программное обеспечение системы |
Основное программное обеспечение для сбора данных для серии 3500
Генетические анализаторы Applied Biosystems 3500 и 3500xL включают программное обеспечение для сбора данных с простым пользовательским интерфейсом и понятным дизайном, позволяющее легко отслеживать данные об использовании расходных материалов и капилляров, дающее возможность быстрого старта, с напоминаниями о плановом обслуживании системы и несколькими другими удобными характеристиками. Функции обозначения оснований и определения размера фрагментов выполняются программой для первичного сбора данных, что позволяет оценивать их в реальном времени. По желанию возможна модернизация с функциями дополнительной надежности, аудита и электронной подписи для соответствия лаборатории требованиям 21 CFR ч 11
Вспомогательные программы для анализа по желанию.
• Программа для анализа результатов секвенирования v5.4 с KB™ Basecaller v1.4.1—для редактирования результатов идентификации оснований при секвенировании, повторной идентификации, создания отчета и печати.
• Программа Variant Reporter™ v1.1— для обнаружения мутаций при анализе однонуклеотидных полимфорфизмов, сравнительного секвенирования, аттестации методов и подтверждения последовательности
• Программа GeneMapper® v 4.1— для анализа микросателлитов, потери гетерозиготности, однонуклеотидных полиморфизмов, мультиплексной амплификации с лигированием, полиморфизма длины амплифицированных фрагментов и фрагментов рестрикции.
• Программа GeneMapper® ID-x v1.2 — для анализа данных по идентификации человека с помощью наборов AmpFlSTR®
• Программа MicroSEQ® ID v 2.2— для идентификации микроорганизмов с помощью
Рабочие характеристики системы 3500 |
|
Лазер
Минимальные требования к компьютеру
Рабочая среда |
Напряжение сети
Макс. потеря мощности
Обслуживание и гарантия |
Требования к образцу |
Инструменты серии 3500 позволяют анализировать много типов матриц, полученных по разнообразным методикам пробоподготовки. Образцы вводятся в систему автоматически непосредственно из 96- или 384-луночных плашек. Кроме того, системы серии 3500 предназначены для работы с 96-луночными плашками Fast и стрипованными пробирками по 8 шт.
Информация для заказа |
Комплектация инструментов |
|
3500 |
3500XL |
Название |
Описание |
Кат. № |
Кат. № |
Генетический анализатор серии 3500 для секвенирования и фрагментного анализа |
Система серии 3500 с программой для сбора данных, анализа последовательностей, программными пакетами Variant Reporter'H GeneMapper". Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы. |
4440462 |
4440463 |
Генетический анализатор серии 3500 для повторного секвенирования и фрагментного анализа, с электронной подписью |
Система серии 3500 с программой сбора данных (включает дополнительные функции безопасности, аудита и электронной подписи), анализа последовательностей и программными пакетами . Variant Reporter'H GeneMapper". Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы. |
4440464 |
4440465 |
Генетический анализатор серии 3500 для секвенирования |
Система серии 3500 с программой для сбора данных, анализа последовательностей, программным пакетом Variant Reporter "Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа фрагментов для квалификационных испытаний системы. |
4440466 |
4440467 |
Генетический анализатор серии 3500 для фрагментного анализа |
Система серии 3500 с ПО для сбора данных и GeneMapper". Комплектация включает также наборы реактивов для фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы. |
4440468 |
4440469 |
Генетический анализатор серии 3500 для типирования и фрагментного анализа |
Система серии 3500 с программой для сбора данных, анализа последовательностей, программными пакетами SeqScape'H GeneMapper" Комплектация включает также наборы реактивов для секвенирования ДНК и фрагментного анализа для квалификационных испытаний системы. |
4440470 |
4440471 |
Расходные материалы и реактивы |
|
Описание |
Кат. № |
Капиллярный блок 3500xL (50 см) |
4404689 |
Капиллярный блок 3500 (50 см) |
4404685 |
Полимер 3500 РОР-7™ (960 проб) |
4393714 |
Полимер 3500 РОР-7™ (384 пробы) |
4393708 |
Контейнер с анодным буфером (КАБ), серия 3500 |
4393927 |
Контейнер с катодным буфером (ККБ), серия 3500 |
4408256 |
Контейнер с катодным буфером для серии 3500, с перегородкой |
4410715 |
Реагент для промывки капиллярного блока для серии 3500 |
4393718 |
Формальдегид Hi-Di™ (5 мл), 1 флакон |
4401457 |
Набор для секвенирования BigDye" Terminator v3.1 Cycle (1000 циклов) |
4337456 |
Набор для очистки BigDye" X Terminator (1000 циклов) |
4376487 |
© 2024 VITTA.az